2006年1月18日　国家环保总局授予天津市、廊坊市、上海市浦东新区、马鞍山市“国家环境保护模范城市（区）”称号（环发[2006]10、11、12、13号）。
　　
　　2006年3月22日　国家环保总局印发《“十一五”城市环境综合整治定量考核指标实施细则》和《全国城市环境综合整治定量考核管理工作规定》（环办[2006]36号）。
　　
　　2006年3月27日　国家环保总局印发《“十一五”国家环境保护模范城市考核指标及其实施细则》和《国家环境保护模范城市创建与管理工作规定》（环办[2006]40号），这是创模指标的第三次调整，直接为落实国务院决定和第六次环保大会精神服务。
　　
　　2006年4月5日　国家环保总局决定，授予重庆市北碚区“国家环境保护模范城区”称号（环发 [2006] 51号）。
　　
　　2006年5月29日　国家环保总局在天津举行国家环保模范城市授牌仪式，周生贤局长代表国家环保总局授予天津市“国家环境保护模范城市”称号。
　　
　　天津市市长戴相龙、副市长陈质枫出席了仪式。国家环保总局副局长张力军主持了仪式。
　　
　　2006年7月24～28日　国家环保总局在北京召开两期“十一五”国家环境保护模范城市考核指标培训班。来自全国各省、自治区、直辖市，各已命名的国家环保模范城市（区），130多个创模城市（区）的环保局代表以及部分创模专家代表共415人参加了培训。
　　
　　2006年10月27日　国家环保总局决定授予南通市、湖州市、肇庆市、泉州市、宜兴市、即墨市、平度市“国家环境保护模范城市”称号（环发[2006]169、170、171、172、173、174、175号）。
　　
　　2006年12月29日　国家环保总局发函“同意深圳市、扬州市和太仓市通过国家环境保护模范城市复查”（环办函[2006]887、888、889号）。